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上智大学 
理工学部 
物質生命理工学科 

顔写真 准教授 
近藤 次郎 
コンドウ ジロウ 
Kondo Jiro 

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研究経歴
2001年-2004年:東京工業大学大学院 生命理工学研究科(博士課程)
「ヒトゲノムに存在するDNA反復配列の構造研究」

2004年-2010年:ストラスブール大学 分子細胞生物学研究所(博士研究員)
「リボソームRNA分子スイッチの構造研究」

2010年-現在:上智大学 理工学部 物質生命理工学科(助教)
「DNA/RNA分子スイッチの動画X線結晶解析」 

職歴
ルイ・パスツール大学  日本学術振興会海外特別研究員  2004/04/20-2006/04/19 
ルイ・パスツール大学  博士研究員  2006/04/20-2008/12/31 
ストラスブール大学(改称)  博士研究員  2009/01/01-2010/03/31 

学歴
立命館大学  理工学部  生物工学科  1999/03/21  卒業 
東京工業大学  生命理工学研究科  分子生命科学専攻  修士  2001/03/26  修了 
東京工業大学  生命理工学研究科  分子生命科学専攻  博士  2004/03/26  修了 

学位
学士(工学)  立命館大学  1999/03/21 
修士(理学)  東京工業大学  2001/03/26 
博士(理学)  東京工業大学  2004/03/26 

教育・研究活動状況
(研究活動)
 X線結晶解析などの生物物理学的手法をつかってDNAやRNA、タンパク質といった生体高分子の「かたち」や「動き」を原子・分子レベルの目で観察し、それらの「働き」を明らかにする研究を行っています。これによって複雑な生命現象をより詳しく理解することが可能になります。さらに、これらの研究で得られた立体構造情報を利用して、微生物感染症や遺伝病に効く新しい薬剤や、高機能生体材料の設計・開発を目指しています。この大きな目標を達成するために、生物・化学・物理の幅広い知識を複合させて研究に取り組んでいきます。


(教育活動:担当授業科目)
‐学部科目‐
理工基礎実験(生物)、生物科学実験Ⅰ、生物物理学、卒業研究、生物基礎(看護学科)、Fundamental Biochemistry(グリーンサイエンスコース)

‐大学院科目‐
生物物理特論、生物科学ゼミナール、大学院演習、Environmental Basic Biology 

研究分野
構造生物化学 
生物物理学 
物理系薬学 

研究キーワード
物理系薬学 
生体機能応用デバイス 
抗生物質 
薬剤耐性 
X線結晶解析 

研究テーマ
ナンセンス変異型遺伝性疾患への抗生物質の薬理メカニズムの解明と新規治療薬の開発  2014/04/01-2017/03/31  科学研究費補助金 
「顧みられない熱帯病(NTDs)」治療を目的とした新規アミノグリコシド系抗原虫薬のStructure-Based Design  2014/03/03-現在 
ナンセンス突然変異型遺伝病に対するリードスルー治療薬のStructure-Based Design  2012/09/01-2013/10/31  その他の研究 
DNAを利用する重金属イオン除去膜、導電性ワイヤーの開発研究―構造、物性、応用  2012/04/01-2016/03/31  科学研究費補助金 
分子・励起分子・イオンの電子構造と反応・ダイナミックスの解明  2012/04/01-2017/03/31 
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競争的資金等の研究課題
重金属-核酸ハイブリッド二重らせんのX線結晶解析  その他  高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所 放射光共同利用実験  2015/10/01-2017/09/30 
「顧みられない熱帯病」治療を目的としたアミノグリコシド薬剤の開発  その他  高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所 放射光共同利用実験  2015/06/03-現在 
ゼブラフィッシュ孵化酵素の基質-酵素複合体のX線解析  その他  高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所 放射光共同利用実験  2014/10/01-現在 
遺伝性疾患治療薬の開発を目的としたヒトリボソームRNA-薬剤複合体のX線結晶解析  その他  高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所 放射光共同利用実験  2014/10/01-現在 
ナンセンス変異型遺伝性疾患への抗生物質の薬理メカニズムの解明と新規治療薬の開発  科学研究費  若手研究(B)  2014/04/01-現在 
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著書
Nucleic Acid Crystallography -Methods and Protocols (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), v. 1320.; Springer protocols (Series) ) "Crystallographic Studies of the Ribosomal A-Site Molecular Switches by Using Model RNA Oligomers"  Jiro Kondo, (ed.by)Eric Ennifar  Springer  2016/08/14 
『日本の結晶学(II) - その輝かしい発展 -』 「RNAの構造研究」  日本結晶学会「日本の結晶学(II)」出版編集委員会編  日本結晶学会  2014/07/31 
『Handbook of RNA biochemistry 2nd, completely rev. and enl. Ed』  (ed.by)Roland K. Hartmann[etc.], Jiro Kondo, Claude Sauter & Benoit Masquida  Wiley-VCH  2014/05 
『Antibiotics: Targets, Mechanisms and Resistance』 「Aminoglycoside antibiotics: structural decoding of inhibitors targeting the ribosomal decoding A site」  Jiro Kondo, Eric Westhof  Wiley-VCH  2013/12/04 
『Aminoglycoside antibiotics : from chemical biology to drug discovery』 (Wiley series in drug discovery and development) 「Structural Comparisons Between Prokaryotic and Eukaryotic Ribosomal Decoding A Sites Free and Complexed with Aminoglycosides」  Dev P. Arya, Jiro Kondo, Eric Westhof  Wiley-Interscience  2007/06 
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論文
Crystal structure of a novel RNA motif that allows for precise positioning of a single metal ion  Hiroki Kanazawa, Jiro Kondo  Journal of Inorganic Biochemistry  Elsevier  2017 
Crystal structure of a DNA duplex containing four Ag(I) ions in consecutive dinuclear Ag(I)-mediated base pairs: 4-thiothymine-2Ag(I)-4-thiothymine  Jiro Kondo, Toru Sugawara, Hisao Saneyoshi, Akira Ono  Chemical Communications  The Royal Society of Chemistry  2017 
A metallo-DNA nanowire with uninterrupted one-dimensional silver array  Jiro Kondo*, Yoshinari Tada, Takenori Dairaku, Yoshikazu Hattori, Hisao Saneyoshi, Akira Ono, Yoshiyuki Tanaka  Nature Chemistry  Nature Publishing Group  2017/07/04 
DNAナノメディシンのStructure-Based Design  近藤次郎  月刊化学工業  化学工業社  2016/11 
The Structure Determination of AgI-mediated Cytosine-Cytosine Base Pair within DNA Duplex in Solution with 1H/15N/109Ag NMR Spectroscopy  Takenori Dairaku, Kyoko Furuita, Hajime Sato, Jakub Šebera, Katsuyuki Nakashima, Jiro Kondo, Daichi Yamanaka, Yoshinori Kondo, Itaru Okamoto, Akira Ono, Vladimír Sychrovský*, Chojiro Kojima*, and Yoshiyuki Tanaka*  Chemistry - A European Journal  2016/09/05 
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研究発表
DNA二重鎖中の修飾塩基対と金属イオンの結合  日本化学会第97春季年会  2017/03/16 
Crystal structure of silver-DNA hybrid nanowire  ISNAC2016  2016/09/27 
Crystallographic studies of RNA-cleaving deoxyribozymes  ISNAC2016  2016/09/27 
Crystal structures of the bacterial ribosomal RNA in complex with fluorinated aminoglycosides  ISNAC2016  2016/09/27 
Fabrication and crystallization of silver-DNA hybrid nanowire  ISNAC2016  2016/09/27 
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知的財産権
特許  DNA-金属ハイブリッドナノワイヤーおよびその製造方法  特願2016-062547  2016/03/25 
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受賞
文部科学大臣表彰 若手科学者賞  分子スイッチ機能をもつノンコーディング核酸の構造研究  2015/04/15 
日本結晶学会進歩賞  分子スイッチ過程に関連するnon-coding核酸分子の構造変化の研究  2008/08 
国際結晶学連合賞  Two crystal structures of d(GICGAGAGC) suggest that potassium ions mediate to form DNA octaplex with I-motif of guanine quartet  2003/08 
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その他
(報道記事)世界最細ワイヤー DNAの中に銀電子  2017/08/01 
(報道記事)上智大,直径0.3㎚の銀ナノワイヤーの作成に成功  2017/07/28 
(報道記事)Life Science Weekly "Investigators from Achaogen, Inc. Report New Data on Chemical Biology"  2015/10/15 
(報道記事)Chemical & Engineering News "Adding Fluorine Helps Ailing Antibiotic"  2014/09/22 
(報道記事)Scientific American "Common Antibiotic, Losing Effectiveness, May Be Revived by Chemical Tweak"  2014/08/27 
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教育実績
文教大学 健康栄養学部 非常勤講師  2016/04/01-2016/09/30 
千代田区立九段中等教育学校 模擬授業  2016/03/09-現在 
上智大学 第2回女子高校生のためのSophia実験教室  2011/07/30-現在 
上智大学オープンキャンパス2011  2011/07/24-現在 
上智大学 ソフィア祭 公開授業  2010/11/03-現在 
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社会活動
日本結晶学会 編集委員  2012/04-2014/03 
Photon Factory News 外部編集委員  2011/04-2013/03 
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所属学協会
日本核酸医薬学会  2015/07-現在 
IS3NA (The International Society of Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids)  2012/04/22-現在 
日本生物物理学会  2012/01/01-現在 
日本薬学会  2007/10-現在 
日本生化学会  2007/10-現在 
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