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上智大学 
理工学部 
物質生命理工学科 

顔写真 准教授 
近藤 次郎 
コンドウ ジロウ 
Kondo Jiro 

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研究経歴
2001年-2004年:東京工業大学大学院 生命理工学研究科(博士課程)
「ヒトゲノムに存在するDNA反復配列の構造研究」

2004年-2010年:ストラスブール大学 分子細胞生物学研究所(博士研究員)
「リボソームRNA分子スイッチの構造研究」

2010年-現在:上智大学 理工学部 物質生命理工学科(助教)
「DNA/RNA分子スイッチの動画X線結晶解析」 

職歴
ルイ・パスツール大学  日本学術振興会海外特別研究員  2004/04/20-2006/04/19 
ルイ・パスツール大学  博士研究員  2006/04/20-2008/12/31 
ストラスブール大学(改称)  博士研究員  2009/01/01-2010/03/31 

学歴
立命館大学  理工学部  生物工学科  1999/03/21  卒業 
東京工業大学  生命理工学研究科  分子生命科学専攻  修士  2001/03/26  修了 
東京工業大学  生命理工学研究科  分子生命科学専攻  博士  2004/03/26  修了 

学位
学士(工学)  立命館大学  1999/03/21 
修士(理学)  東京工業大学  2001/03/26 
博士(理学)  東京工業大学  2004/03/26 

教育・研究活動状況
(研究活動)
 X線結晶解析などの生物物理学的手法をつかってDNAやRNA、タンパク質といった生体高分子の「かたち」や「動き」を原子・分子レベルの目で観察し、それらの「働き」を明らかにする研究を行っています。これによって複雑な生命現象をより詳しく理解することが可能になります。さらに、これらの研究で得られた立体構造情報を利用して、微生物感染症や遺伝病に効く新しい薬剤や、高機能生体材料の設計・開発を目指しています。この大きな目標を達成するために、生物・化学・物理の幅広い知識を複合させて研究に取り組んでいきます。


(教育活動:担当授業科目)
‐学部科目‐
理工基礎実験(生物)、生物科学実験Ⅰ、生物物理学、卒業研究、生物基礎(看護学科)、Fundamental Biochemistry(グリーンサイエンスコース)

‐大学院科目‐
生物物理特論、生物科学ゼミナール、大学院演習、Environmental Basic Biology 

研究分野
構造生物化学 
生物物理学 
物理系薬学 

研究キーワード
物理系薬学 
生体機能応用デバイス 
抗生物質 
薬剤耐性 
X線結晶解析 

研究テーマ
抗生物質に対する耐性メカニズムの分子構造論的研究と創薬への応用  2011/04/28-2014/03/31  科学研究費補助金 
DNAを利用する重金属イオン除去膜、導電性ワイヤーの開発研究―構造、物性、応用  2012/04/01-2016/03/31  科学研究費補助金 
分子・励起分子・イオンの電子構造と反応・ダイナミックスの解明  2012/04/01-2017/03/31 
ナンセンス突然変異型遺伝病に対するリードスルー治療薬のStructure-Based Design  2012/09/01-2013/10/31  その他の研究 
「顧みられない熱帯病(NTDs)」治療を目的とした新規アミノグリコシド系抗原虫薬のStructure-Based Design  2014/03/03-2016/03/31  その他の研究 
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競争的資金等の研究課題
インフルエンザウイルスRNAプロモーターを標的とした構造創薬科学  放射光共同利用実験  2018/10/01-2020/09/30 
新しいタイプの核酸医薬品の開発を目的としたX線結晶解析  その他  創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム(BINDS)研究課題  2018/05/11-2019/03/31 
DNAものづくりプラットフォームによるDNA医薬品の開発  学内特定研究  申請型応募制研究費  2018/04/01-2019/03/31 
重金属-DNAハイブリッドナノワイヤーのX線結晶解析  放射光共同利用実験  2017/10/01-2019/09/30 
DNA二重鎖中で無限に金属イオンが連続する超分子錯体:精密合成・結晶構造・物性  科学研究費  基盤研究(B)一般  2017/04/01-2021/03/31 
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著書
Nucleic Acid Crystallography -Methods and Protocols (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), v. 1320.; Springer protocols (Series) ) "Crystallographic Studies of the Ribosomal A-Site Molecular Switches by Using Model RNA Oligomers"  Jiro Kondo, (ed.by)Eric Ennifar  Springer  2016/08/14 
『日本の結晶学(II) - その輝かしい発展 -』 「RNAの構造研究」  日本結晶学会「日本の結晶学(II)」出版編集委員会編  日本結晶学会  2014/07/31 
『Handbook of RNA biochemistry 2nd, completely rev. and enl. Ed』  (ed.by)Roland K. Hartmann[etc.], Jiro Kondo, Claude Sauter & Benoit Masquida  Wiley-VCH  2014/05 
『Antibiotics: Targets, Mechanisms and Resistance』 「Aminoglycoside antibiotics: structural decoding of inhibitors targeting the ribosomal decoding A site」  Jiro Kondo, Eric Westhof  Wiley-VCH  2013/12/04 
『Aminoglycoside antibiotics : from chemical biology to drug discovery』 (Wiley series in drug discovery and development) 「Structural Comparisons Between Prokaryotic and Eukaryotic Ribosomal Decoding A Sites Free and Complexed with Aminoglycosides」  Dev P. Arya, Jiro Kondo, Eric Westhof  Wiley-Interscience  2007/06 
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論文
Removal of the A10 adenosine in a DNA-stabilized Ag16 nanocluster.  Cecilia Cerretani, Jiro Kondo* and Tom Vosch*  RSC Advances  Royal Society of Chemistry  2020/06/23 
Structural Bases for the Fitness Cost of the Antibiotic-Resistance and Lethal Mutations at Position 1408 of 16S rRNA  Jiro Kondo*, Mai Koganei  Molecules  2019/12/31 
Crystal structure of a NIR‐Emitting DNA‐Stabilized Ag16 Nanocluster  Cecilia Cerretani, Hiroki Kanazawa, Tom Vosch, Jiro Kondo  Angewandte Chemie International Edition  Wiley  2019/11/25 
Novel DNA helical wire containing Hg(II) mediated T:T and T:G pairs  Akira Ono*, Hiroki Kanazawa, Hikari Ito, Misato Goto, Koudai Nakamura, Hisao Saneyoshi, Jiro Kondo*  Angewandte Chemie International Edition  Wiley  2019/11/18 
Conformational adaptation of UNCG loops upon crowding  Melanie Meyer, Helene Walbott, Vincent Olieric, Jiro Kondo, Maria Costa and Benoit Masquida  RNA  Cold Spring Harbor Laboratory Press  2019/08/19 
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研究発表
核酸創薬を加速させるカタチのデザイン  第8回 中分子創薬に関わる次世代産業研究会  2020/06/26 
核酸のX線結晶解析の実際  NPO法人mRNAターゲット創薬研究機構 2020年度 第1回講習会  2020/06/24 
Effects of silver and mercury ions on the structure of the ribosomal RNA decoding site  RNA2020 (25th Annual Meeting of the RNA society)  2020/05/26 
立体構造情報を活用した核酸医薬品のデザイン  第415回CBI学会講演会  2020/02/21 
核酸をターゲットとした低分子医薬品のStructure Based Design  Science & Technologyセミナー  2019/12/23 
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知的財産権
特許  DNA-金属ハイブリッドナノワイヤーおよびその製造方法  特願2016-062547  2016/03/25 
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受賞
Attractive Lecture Award 2018  生物物理学  2018/12/18 
Attractive Lecture Award 2017  基礎生物学  2017/12/19 
文部科学大臣表彰 若手科学者賞  分子スイッチ機能をもつノンコーディング核酸の構造研究  2015/04/15 
日本結晶学会進歩賞  分子スイッチ過程に関連するnon-coding核酸分子の構造変化の研究  2008/08 
国際結晶学連合賞  Two crystal structures of d(GICGAGAGC) suggest that potassium ions mediate to form DNA octaplex with I-motif of guanine quartet  2003/08 
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その他
(プレスリリース)16個の銀原子をDNAでコーティングしたナノ蛍光物質 「DNA-銀ナノクラスター」の 立体構造解析に成功  2019/09/17 
(インタビュー記事)日経バイオテク「上智⼤近藤⽒、「⼀本鎖で多様な構造取るRNAは創薬標的として魅⼒的」」  2018/09/25 
(報道記事)日経バイオテク 「若手研究者の肖像(第31回)上智大学理工学部物質生命理工学科 近藤次郎 准教授 次のポスト決まらない状況から一発逆転、結晶構造解析で核酸の「動き」を捉える」  2017/11/06 
(報道記事)上智新聞 「世界最細ワイヤー DNAの中に銀電子」  2017/08/01 
(報道記事)Optronics Online「上智大,直径0.3㎚の銀ナノワイヤーの作成に成功」  2017/07/28 
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教育実績
DNA塩基対モデルの開発と講義での活用  2019/04/23-現在 
Attractive Lecture Award受賞 「生物物理学」  2018/12/18-現在 
茨城中学校・高等学校 職業訓練講習会  2018/10/31-現在 
横浜市立領家中学校 職業講話  2018/02/02-現在 
Attractive Lecture Award受賞 「基礎生物学」  2017/12/19-現在 
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社会活動
NPO法人mRNAターゲット創薬研究機構 理事  2020/06/24-現在 
日本結晶学会 編集委員  2012/04-2014/03 
Photon Factory News 外部編集委員  2011/04-2013/03 
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所属学協会
ホスト-ゲスト・超分子化学研究会  2018/06-現在 
ナノ学会  2018/04-現在 
日本核酸化学会  2017/04-現在 
日本核酸医薬学会  2015/07-現在 
IS3NA (The International Society of Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids)  2012/04-現在 
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